第一，宅基地大量入市。尽管在法律上没有赋予宅基地出租、转让和交易权利，但事实上，农民宅基地进入市场已呈普遍化趋势。具体表现为，在广大沿海地区，农民将宅基地盖成多层住宅，用于出租，满足快速工业化下大量外地农民工的居住问题；在大中小城市）镇）的城乡结合部地区，政府在征用农民耕地后，将宅基地留下来，农民利用宅基地盖房出租，解决了快速城镇化进程中进城流动人口的居住问题；在广大农区，一些举家进城的农户在城镇有稳定的工作和居所后，将宅基地私下出让或租赁给需要宅基地盖房的农户。宅基地在不同类型地区大量入市的现状，不仅解决了工业化城镇化进程中原著民的财产收入增长问题，也解决了进城人口的居住问题，也降低了城镇化的成本，但是，这种自发入市与现行法律直接冲突。

第二，宅基地的无偿取得和一户一宅难以实施。无偿取得宅基地，被认为是政府给农民的福利，体现了制度自信。但是，在沿海地区和广大城乡结合部地区，随着城镇化进程中土地级差收益的大幅提高，城镇建设用地也越来越紧张，无偿分配宅基地与土地资本化背道而驰，这些地区在上世纪90年代中后期以后，就不再无偿分配宅基地了。二是一户一宅在城市化地区也很难管理。随着宅基地在这些地区的价值显化，农民充分利用现有宅基地，纷纷加盖房屋，有的突破了原来分配的宅基地面积，有的突破了各省市规定的宅基地上盖的住房面积。三是在传统农区，宅基地无偿分配不利用保护耕地。在传统农区仍然实行宅基地无偿分配，但是，近些年农民出外打工收入提高，他们纷纷回村盖更大的房，原有宅基地不够，就占用承包地，导致耕地在农区、尤其是平原农区的大量流失。

第三，宅基地的无序扩张不利于城市健康发展。由于宅基地使用现状与法律严重冲突，政府对宅基地使用的管理基本处于缺位状态，规划和用途管制无法实施。在政府管制缺位下，农民宅基地的扩张和盖房更是处于无序，甚至有蔓延之势。造成城中村的私搭乱建、毫无规划、基础设施和公共服务部组、治理无组织，治安问题严重，与城市形成完全的两张皮，加大城市管理成本和未来更新的难度。