农村土地承包经营权确权证书的颁发理由是为了依法保护农民群众的土地承包权益，减少农村土地承包纠纷，推进农村土地承包管理规范化，有效利用农村土地资源。

【法律依据】

《农村土地承包法》第二十四条规定，国家对耕地、林地和草地等实行统一登记，登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。

土地承包经营权证或者林权证等证书应当将具有土地承包经营权的全部家庭成员列入。

登记机构除按规定收取证书工本费外，不得收取其他费用。