原《土地管理法》及《土地管理法实施条例》对农用地之间的转化缺乏制度性的约束，导致实践中耕地转为林地、草地、园地等现象大量存在，严重影响国家粮食安全。为此，新的《土地管理法实施条例》专门增加规定：国家对耕地实行特殊保护，严守耕地保护红线，严格控制耕地转为林地、草地、园地等其他农用地。耕地应当优先用于粮食和棉、油、糖、蔬菜等农产品生产。按照国家有关规定需要将耕地转为林地、草地、园地等其他农用地的，应当优先使用难以长期稳定利用的耕地。同时，增加了耕地“非粮化”的法律责任。
为贯彻落实党中央、国务院关于加强对耕地保护责任主体的补偿激励，积极推进中央和地方各级涉农资金整合，按照“谁保护、谁受益”的原则，加大耕地保护补偿力度的要求，新《土地管理法实施条例》在总结全国部分地方实施耕地保护补偿制度成功经验的基础上，对建立耕地保护补偿制度做出明确规定：国家建立耕地保护补偿制度。耕地保护补偿制度具体办法和实施步骤由国务院自然资源主管部门会同有关部门规定。
新的《土地管理法实施条例》以维护被征地农民合法权益为核心，对《土地管理法》规定的土地征收程序进行了细化规定。主要包括：（1）发布土地征收预公告，启动土地征收。市、县人民政府认为符合《土地管理法》第四十五条规定的公共利益，需要启动土地征收的，发布土地征收预公告，开展土地现状调查和社会稳定风险评估；（2）组织编制征地补偿安置方案，并进行公告和听证；（3）签订征地补偿安置协议，对个别难以达成征地安置协议的，在申请征收土地时如实说明；（4）申请土地征收审批；（5）土地征收经依法批准后发布土地征收公告，公布土地征收范围和征收时间，对个别未达成征地补偿协议的作出征地补偿安置决定；（6）实施土地征收。
新《土地管理法实施条例》在《土地管理法》关于集体经营性建设用地入市规定的基础上，进一步明确入市交易规则，要求国土空间规划要合理安排集体经营性建设用地布局和用途，促进集体经营性建设用地的节约集约利用。同时，明确了集体经营性建设用地出让、出租方案的编制和审查要求，规定：土地所有权人应当依据规划条件、产业准入和生态环境保护要求，编制出让、出租方案，报市、县人民政府。集体经营性建设用地出让、出租应当签订书面合同，并对合同应当包括的内容进行了明确的规定。对通过出让方式取得的集体经营性建设用地再转让的，也应当签订书面合同，并通知土地所有权人。
新的《土地管理法实施条例》将“宅基地管理”单列一节，对宅基地布局和建设用地指标安排作出明确规定，要求县级以上地方人民政府应当按照国家规定安排建设用地指标，合理保障本行政区域内农村村民宅基地需求，乡（镇）、县、市国土空间规划和村庄规划应当科学划定宅基地范围。针对部分地方在合村并居中出现的侵犯农村村民宅基地合法权益的问题，新的《土地管理法实施条例》专门作出四禁止规定：禁止违背农村村民意愿强制流转宅基地，禁止违法收回农村村民依法取得的宅基地，禁止以退出宅基地作为农村村民进城落户的条件，禁止强迫农村村民搬迁退出宅基地
新的《土地管理法实施条例》持续优化建设用地审批流程：一是规定建设项目需要申请核发选址意见书的，应当合并办理建设项目用地预审与选址意见书，核发建设项目预审与选址意见书；二是规定市县人民政府组织自然资源等部门拟定农用地转用方案，报有批准权的人民政府批准，删去原来“逐级”上报审批的规定；三是将现行的“一书四方案”（建设用地呈报书和农用地转用方案、补充耕地方案、征收土地方案和供地方案）合并调整，整合为农用地转用方案和土地征收申请，并明确了有批准权的人民政府对农用地转用方案和土地征收申请审查的要点；四是明确国务院和省级人民政府在土地征收审批中，主要是对土地征收的必要性、合理性、是否符合《土地管理法》第四十五条规定的公共利益确需征收土地情形以及是否符合法定程序进行审查；五是将征地补偿安置方案的决定权交由县级以上地方人民政府负责。
将主体功能区规划、土地利用规划、城乡规划等空间规划融合为统一的国土空间规划，是党中央作出的重大决策部署。新的《土地管理法实施条例》在《土地管理法》关于国土空间规划体系和编制要求的基础上，用“国土空间规划”取代原来的“土地利用总体规划”，明确了国土空间规划的效力和内容，规定国土空间规划应当统筹布局农业、生态、城镇等功能空间，划定落实永久基本农田、生态保护红线和城镇开发边界。国土空间规划应当包括国土空间开发保护格局和规划用地布局、结构、用途管制要求等内容，明确建设用地规模、耕地保有量、永久基本农田保护面积和生态保护红线等要求，提高土地节约集约利用水平，保障土地的可持续利用。
临时用地是指建设项目施工、地质勘查等需要临时使用的土地。针对实践中存在的临时用地的期限过于单一、临时用地土地复垦责任不落实等情形，新的《土地管理法实施条例》对临时用地管理作出创新规定，明确临时用地应当尽量不占或者少占耕地。临时用地的期限一般不超过二年。建设周期较长的交通、水利、能源等基础设施建设使用的临时用地，期限不超过四年，法律、行政法规另有规定的除外。土地使用者应当自临时用地期满之日起一年内完成土地复垦，使其达到可供利用状态。
