总体来看，全国范围内真正可用于高基农田建设的土地整治资金，仅有两笔。体量最大的为新增建设用地有偿使用费(下称新增费)。

　　在新增建设用地的地方政府缴纳费用后，由中央和地方财政按照三七开比例分开掌握。据国土部土地整治中心估计：每年由地方政府收取的新增费总额大概为600亿元，多时可达900亿－1000亿元，波动性极强。

　　由中央财政掌握的新增费有两项用途：其中较大部分，依照各省规划期内高基农田建设任务情况按比例返还，起到统筹作用；其余部分，则被纳入到重大工程项目资金池内，用于重大项目建设。

　　2012年10月，中央财政用于河南省南水北调渠首及沿线、湖北省南水北调汉江沿线、湖南洞庭湖区基本农田建设、云南“兴地睦边”、宁夏中北部等土地整治重大工程项目建设的37.6亿元资金，全部出自这笔资金。

　　土地整治的第二笔重要资金来源，是土地出让金收益。按照《国务院关于将部分土地出让金用于农业土地开发有关问题的通知》(国发【2004】8号)，土地出让平均纯收益中用于农业土地开发的比例不低于15%。按国土部土地整治中心测算，每年可用于土地整治的资金规模在200亿元左右。

　　按照《规划》，为实现新建4亿亩高基农田目标，总投资需6000亿元。但国土部预算司负责人则表示：规划期内新增费征收预计为4500亿元，土地出让金收益预计可征收750亿元，合计征收5250亿元，资金缺口为750亿元。

　　一些研究土地问题的专家分析，750亿元，仍是在资金征收最理想状况下的最小缺口。诸种因素表明，实际的资金缺口可能要超出这一数字。

　　从支出角度看，前一轮土地整治挑选的基本都是投资小、见效快的土地。即便如此，实际整治所花费的资金，仍大大超出了预算。

　　根据《全国土地开发整理规划 (2001——2010年)》显示：为实现规划期内土地整治目标，共需投资3330亿元。但据《财经》记者获悉，仅“十一五”期间，全国各级财政投入到土地整治的资金总数已达5864亿元，其中，涉及农田整治的资金数为3274亿元，涉及村庄整治的资金总数为2590亿元。

　　以此计算，“十一五”期间，农田的平均整治成本约为2050元/亩。“十二五”期间即使不考虑难度增加因素，仍以2050元/亩计算，农田整治总投资亦需约8200亿元，资金缺口可能会达到2950亿元。

　　国土部相关人士向《财经》记者指出，虽然这一计算并未考虑到“十一五”期间投资但并未见效的土地，因此农田整治的成本并未达到2050元/亩，但目前体系确实仅覆盖了80%左右的土地整治成本。假如农田整治全由财政资金负担，每亩地的成本还会增加。

　　因此，“(要实现新建4亿亩高基农田的土地整治目标)实际资金缺口超过1000亿元，并不奇怪。”这位人士称。

　　从收入角度看，上述两笔资金均受整体宏观经济形势的影响因而出现了减少。据报道，2012年前十个月，全国数百个城市的土地出让金同比下降幅度已接近四成。另据《财经》记者在广西、湖北、河南等省份的调查显示，新增费在各地也均出现了不同程度的下滑。

　　按照今年4月19日由财政部、国土资源部联合印发的《新增建设用地土地有偿使用费资金使用管理办法》规定：新增费的使用原则由“上年收入、下年使用”改为“以收定支、专款专用、收支平衡、结余结转下年安排使用”。

　　在资金“双降”出现之后，各地并无良策，只能减少当年土地整治规划目标。以广西为例，现行的做法是“以收定支”，去年安排用于土地整治的资金为32亿元，今年的预算则减少为25亿－28亿元。

　　“资金来源每年的波动性很大，又不能超支，只能有多少钱办多少事。”广西国土厅耕保处处长左旭阳告诉《财经》记者。

　　上述诸种计算，仍不是土地整治资金缺口的最终规模。

　　“土地整治是这些年来让农民真正得到实惠的一项政策，好不容易改造好的土地，不好好维护的话，非常可惜。”湖北省洪湖市万全镇镇长易重兵对《财经》记者表示。

　　在现有土地整治资金体系中，不管是中央财政还是地方财政，均未安排相应的维护资金，用以支付整治后农田内的道路及桥梁等设施损毁后的维修费用。

　　国土部土地整治中心副主任郧文聚曾匡算过：整治后每亩地每年所需的维护费用，最低需要50元/亩。照此标准计算，中国现有的2亿亩高基农田，每年需100亿元维护资金。

　　在没有新增资金来源的情况下，国土部正在尝试进行折中：将土地整治资金进行结构调整，70%用于新增高基农田建设，其余30%则用于维护。

　　这种办法看似可缓一时之急，但亦有隐忧。首先，对于到底是否可将土地整治资金用于维护，目前尚无规定。其次，目前中国的高基农田标准还比较低，随着生产方式的逐渐变化，高基农田的标准亦会相应提升。可能出现的情况是，“这一轮还没整完，下一轮整理又要来了。” 郧文聚说，“因此不可能长期大规模挪用整治资金作为维护资金。”

　　筹钱多重博弈

　　10月22日，广东省政府出台了《农田保护经济补偿制度》，专门提出由省级财政拨款，给该省的基本农田每年补贴30元钱，主要用于基本农田后续管护、农村土地整治、农村集体经济组织成员参加社会养老保险和农村合作医疗等支出。

　　如此专门“割肉”，承担土地整治及后续管护资金的地方政府仍属特例。更多的地区，仍和广西一样，尚在为土地整治资金本身不足发愁。

　　就目前情况看，在新增费征收较少的省区，大多将资金统筹到省一级，集中用于专项整治。除这种较为简单的方法外，各地尚在尝试的模式可以分为“共炒一盘菜，公办一桌席”和“整装模式”两类。

　　《规划》在谈到资金缺口弥补问题时，已提到第一种模式，它的最初实践者是湖北省。其本质含义是，将土地整治和其他部门的涉农项目统筹谋划，做到项目统一规划，资金统一使用。

　　有人对此种模式提出了质疑，认为其“只不过是个好听的故事而已”。因为它只是对现有资源进行整合，实际并未扩大资金来源。

　　在目前的体系安排下，《规划》涉及的高基农田建设任务，其实并非只应由国土部一家承担，财政部、水利部和农业部亦有责任。

　　财政部与之相关的部门是农业综合开发办公室。每年由其汇总耕地占用税和其他相关资金来源，共计一二百亿元。这笔资金主要的出口共有两项：一是作为国土部的土地复垦资金，但只占全部资金量的30%左右，其余70%则用于农业产业化建设。

　　水利部与之相关的资金来源，是小农水利建设资金，这笔钱可以统筹到高基农田的建设中去。